Korallenriffe leiden zudem unter Krankheiten. In den letzten Jahrzehnten haben sich bakterielle und virale Infektionen ausgebreitet, wie beispielsweise die Weißbandkrankheit, die bis zu 95 % der Acropora-Korallen in der Karibik abgetötet hat. Die Ursachen dieser Krankheitsausbrüche sind noch nicht vollständig erforscht, stehen aber häufig im Zusammenhang mit Hitzestress und Umweltverschmutzung, welche das Immunsystem der Korallen schwächen.
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Als Reaktion auf diese Krise werden verschiedene Schutzstrategien entwickelt. Ein Ansatz ist die Einrichtung von Meeresschutzgebieten (MPAs), in denen Fischerei und andere zerstörerische Aktivitäten verboten sind. Gut konzipierte MPAs können die Wiederherstellung von Riffen fördern, insbesondere wenn sie repräsentative Ökosysteme umfassen und ausreichend groß sind. Ein erfolgreiches Beispiel sind die Riffe im Papahanaumokuakea-Nationalpark auf Hawaii, wo sich der Zustand des Ökosystems nach der vollständigen Umsetzung des Schutzes deutlich verbessert hat.
Die Korallenrestaurierung ist ein schnell wachsendes Forschungsgebiet. Wissenschaftler und Freiwillige züchten Korallen in Aufzuchtstationen und verpflanzen sie anschließend in geschädigte Gebiete. Zu den Methoden gehören die Fragmentierung (das Aufteilen gesunder Kolonien in Fragmente), der Einsatz von Unterwasser-„Gerüsten“ aus Seilen und sogar der Einsatz von 3D-Druck zur Herstellung künstlicher Strukturen. Solche Projekte können zwar kleine Gebiete lokal wiederherstellen, aber den massiven Verlust von Riffen im ozeanischen Maßstab nicht ausgleichen.
Die Züchtung widerstandsfähiger Korallen ist ein weiterer vielversprechender Ansatz. Wissenschaftler kreuzen Korallen aus Populationen, die Hitzestress überstanden haben, um Nachkommen zu erzeugen, die widerstandsfähiger gegen hohe Temperaturen sind. Im Roten Meer und im Persischen Golf gibt es natürliche Korallenpopulationen, die extremer Hitze standhalten können. Ihr genetisches Material könnte genutzt werden, um andere Riffe zu stärken. Solche Ansätze werfen jedoch ethische Fragen hinsichtlich des Eingriffs in natürliche Prozesse auf.