Seekühe gehören zu den am stärksten gefährdeten Meeressäugetieren. Ihre Hauptbedrohung ist der Verlust ihres Lebensraums. Seegraswiesen werden durch Verschmutzung, Hafenbau und Eutrophierung zerstört. In Florida werden jedes Jahr Seekühe von Schiffen getötet: Ihre langsamen Bewegungen verhindern, dass sie den Schiffsschrauben ausweichen können. Dugongs leiden unter der Küstenfischerei, da sie sich in Netzen verfangen, und unter Wilderei (ihr Fleisch und ihr Speck sind in einigen Regionen wertvoll).
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In Australien, wo etwa 85 % der weltweiten Dugong-Population leben, gibt es ausgedehnte Schutzgebiete, und es werden Überwachungsmaßnahmen durchgeführt. Im Golf von Carpentaria in Australien gedeihen Dugongs relativ gut, aber auch dort sind sie vom Klimawandel betroffen, der die Seegraswiesen beeinträchtigt. Im Persischen Golf und in Ostafrika sind die Dugong-Populationen deutlich zurückgegangen.
In Florida sind Seekühe zu einem Symbol des Naturschutzes geworden. Dank des Engagements von Naturschützern, der Einrichtung von Geschwindigkeitsbegrenzungen für Boote und Rehabilitationszentren ist der Bestand der Amerikanischen Seekühe von wenigen Hundert auf über 7.000 Tiere angewachsen. Doch jedes Jahr setzt der Winter ein, und wenn die Seekühe keine warmen Quellen (natürliche oder in der Nähe von Kraftwerken) finden, sterben sie an Kältestress. Der Erhalt ihrer Winterquartiere bleibt daher ein dringendes Problem.
Ökotourismus rund um Seekühe entwickelt sich zu einer Alternative zur kommerziellen Jagd. In Florida können Touristen Seekühe im Crystal River beobachten (unter Einhaltung strenger Regeln – kein Berühren, Jagen oder Benutzen von hellem Licht). In Australien begegnen Taucher Dugongs in der Shark Bay und am Great Barrier Reef. Diese Begegnungen generieren Einkommen für die lokale Bevölkerung und schärfen das Bewusstsein für den Schutz der Seegraswiesen.
Seekühe sind Indikatoren für die Gesundheit von Küstenökosystemen. Wo Dugongs und Seekühe gedeihen, bleiben ausgedehnte Seegraswiesen erhalten, die wiederum Jungfischen Schutz bieten und Kohlenstoff binden. Indem wir diese sanften Riesen schützen, bewahren wir ganze Küstenökosysteme, von denen das Wohlergehen von Millionen Menschen abhängt. Jede gerettete Seekuh trägt zur Nachhaltigkeit der Ozeane bei.